Μετά τα Περσικά, τα Στάγειρα συμμετείχαν στην Α' Αθηναϊκή Συμμαχία προσφέροντας στο κοινό ταμείο τον σχετικά μικρό φόρο του ενός ταλάντου. Κατά τον Πελοποννησιακό πόλεμο, όμως, η πόλη αποστάτησε από τους Αθηναίους το 424 π.Χ., συμμάχησε με τους Σπαρτιάτες και παραδόθηκε στο Βρασίδα. Η στάση της αυτή εξόργισε τους Αθηναίους, οι οποίοι έστειλαν τον Κλέωνα για να την επαναφέρει στην αθηναϊκή σφαίρα επιρροής. Ωστόσο, οι κάτοικοι της πόλης αντιμετώπισαν με επιτυχία τον Κλέωνα και η πόλη διατήρησε την αυτονομία της.

Κατά τον Ολυνθιακό πόλεμο (349 π.Χ.) τα Στάγειρα, ως μέλος του "Κοινού των Χαλκιδέων", πολιορκήθηκαν από τον Φίλιππο Β' και καταστράφηκαν, αλλά ανοικοδομήθηκαν και πάλι από τον ίδιο, ύστερα από παρέμβαση του Αριστοτέλη, που στο μεταξύ είχε προσληφθεί ως δάσκαλος του γιου του, Αλεξάνδρου (Ηρόδοτος 7,115. Θουκυδίδης 4,88,2. Στράβωνας 7,331. Πλούταρχος, Αλέξανδρος 7,3). Παρά την ανοικοδόμηση, η καταστροφή αυτή σηματοδότησε την παρακμή της πόλης, που άρχισε να φθίνει σταδιακά.

Περίπου χίλια χρόνια αργότερα, κτίστηκε στην ίδια περιοχή ένα μικρό βυζαντινό κάστρο, το οποίο ονομαζόταν "Λιβασδιάς" και αργότερα "Λιψάσδα". Από αυτό έχουν διασωθεί λίγα κτίσματα στην κορυφή του βόρειου λόφου και τμήμα ενός διατειχίσματος στις παρυφές του.

Αξίζει να δείτε:

• Στην ανατολική άκρη του ίδιου λόφου ήρθαν στο φως δύο ιερά (το πρώτο αποτελείται από βωμό, εσχάρα για θυσίες και δύο τετράπλευρους χώρους, το δεύτερο είναι ένα κυκλικό κτίσμα) του 6ου αι. π.Χ., στα οποία οι κάτοικοι λάτρευαν τις θεότητες, προστάτιδες της πόλης. Και από τα δύο ιερά προέρχεται πλήθος ευρημάτων με πολλά πήλινα ειδώλια και μεγάλες γυναικείες προτομές, τα οποία οδηγούν στο συμπέρασμα ότι στο πρώτο λατρευόταν γυναικεία θεότητα, ενώ το δεύτερο ήταν αφιερωμένο στην θεά Δήμητρα. Δίπλα από τα ιερά σώζεται τμήμα του υστεροκλασικού τείχους, που ταυτίζεται μ' εκείνο που έκτισε ο Φίλιππος Β', αφού προηγουμένως ο ίδιος είχε καταστρέψει την πόλη.
• Στην κορυφή του νότιου αυτού λόφου, βρίσκεται η ακρόπολη με σχήμα σχεδόν ορθογώνιου τριγώνου. Η ακρόπολη περιβαλλόταν από οχυρωματικό περίβολο για την προστασία των κατοίκων σε περιόδους κινδύνου. Στο κέντρο της βρισκόταν μια δεξαμενή νερού για τη συλλογή ομβρίων υδάτων, ενώ σε διπλανά σημεία βρίσκονταν κτίσματα, πιθανότατα στρατιωτικά φυλάκια, για την επιτήρηση της περιοχής. Λίγο δυτικότερα από την ακρόπολη, ήρθε στο φως ο κεντρικός υδροδοτικός αγωγός, που τροφοδοτούσε με νερό τους κατοίκους της πόλης.
• Οικίες των αρχαϊκών, κλασικών και ελληνιστικών χρόνων αποκαλύφθηκαν σε διάφορα σημεία. Πρόκειται για λιθόκτιστα σπίτια του 5ου, 4ου και 3ου αι. π.Χ. και φωτίζουν την οικιστική αρχιτεκτονική της πόλης, την οικιακή οικονομία και την κοινωνία των Σταγείρων. Οι έντονες κλίσεις του εδάφους επέβαλλαν διάφορες πρακτικές λύσεις για το κτίσιμο των σπιτιών, τα οποία διέθεταν συχνά μεγάλα δωμάτια και υπόγειους αποθηκευτικούς χώρους. Στενοί, αρκετές φορές λιθόστρωτοι δρόμοι χώριζαν τα σπίτια μεταξύ τους.
• Η αγορά των Σταγείρων εντοπίσθηκε στον χαμηλό αυχένα ανάμεσα στους λόφους. Εδώ ερευνήθηκαν μια καλοδιατηρημένη στοά των κλασικών χρόνων, κτισμένη κυρίως από μαρμάρινους γωνιόλιθους με μνημειακή κλίμακα, λιθόστρωτοι δρόμοι, δημόσιες αποθήκες και καταστήματα.