Η πρώτη αναφορά του μοναστηριού ανευρίσκεται το 996, σε έγγραφο της Μεγίστης Λαύρας. Σε αυτό, μεταξύ άλλων, υπογράφει και ο Νίκων, ηγούμενος της μονής Ζυγού ως «Νίκων, μοναχός και ηγούμενος του Ζυγού». Η μονή ήταν αφιερωμένη στον προφήτη Ηλία («άγιο Ηλία») και αποτελούσε ένα από τα σημαντικότερα μοναστήρια του Άθωνα κατά τον 11ο αιώνα. Το 1018 όταν ηγούμενος ήταν ο Νύφων αυξήθηκε η περιουσία της Μονής με την χορήγηση εκτάσεων από την Αγιορείτικη κοινότητα.

Την ίδια περίοδο επεκτάθηκε το κτιριακό συγκρότημα και κτίσθηκε το νέο Καθολικό (κεντρικός ναός), το οποίο έχει εντοπισθεί και αποτελεί βασικό στόχο στην ανασκαφική και αναστηλωτική προσπάθεια που συνεχίζεται μέχρι σήμερα.

Πρόκειται για ένα πεντάπλευρο περίπου κάστρο, ενισχυμένο από δέκα ή έντεκα πύργους, το οποίο περικλείει έκταση 5,5 στρεμμάτων. Το κάστρο αποτελείται από πέντε, τουλάχιστον, οικοδομικές φάσεις, όλες παλαιότερες του 1211.

Για λόγους που δε γνωρίζουμε, στα τέλη του 12ου αιώνα η Μονή του Ζυγού ήταν έρημη και με χρυσόβουλο του αυτοκράτορα Αλεξίου Αγγέλου Κομνηνού παραχωρήθηκε μαζί με τα μετόχια της στην επανασυσταθείσα Μονή Χιλανδαρίου.
Γύρω στο 1206, φαίνεται ότι είχε εγκατασταθεί στο κάστρο του Ζυγού ένας Φράγκος άρχοντας με τους στρατιώτες του, ο οποίος εξορμούσε από εκεί και λεηλατούσε το Άγιον Όρος, ώσπου, περί το 1211, με παρέμβαση του Πάπα της Ρώμης εκδιώχθηκε από την περιοχή. Γι’ αυτόν το λόγο τα ερείπια της Μονής είναι γνωστά σήμερα ως “Φραγκόκαστρο”.

Αξίζει να δείτε:

• Το μαρμάρινο αρχιτεκτονικό διάκοσμο καθώς και τα μαρμαροθετημένα ψηφιδωτά δάπεδα, χαρακτηριστικό της βυζαντινής αρχιτεκτονικής.

Η αρχαιολογική σκαπάνη έχει φέρει στο φως πολλά ευρήματα, ενώ οι ανασκαφικές και αναστηλωτικές εργασίες βρίσκονται σε εξέλιξη.